للمتنيح البطريرك البابا شنودة الثالث العديد من المعجزات التي شهد بها الالاف وامن بسببها الكثيرون ومنها مثلا ما حكاه احد الاشخاص ويدعي سامح جرجس زكي حيث قال حصلت معايا معجزة بشفاعه البابا شنودة يوم 22/3/2012 وانا فى العمل جائتنى لجنه تفتيشيه مفاجأة من الادارة وهى دائما ماتأتى فى موعد غير معروف لتكون الامور فى العمل كماهى عليه المهم طلبت شفاعه البابا شنودة حتى يتم التفتيش على خير ثم بدء التفتيش على وكانت الامور تسير على مايرام إلى ان وجد 6 اشياء مفقودة من العهدة المسئول انا عنها ولأنى متأكد انه لايوجد شئ مفقود وهذا لعملى جرد مستمر بدأت ابحث من اين اتى الخطأ مرات كثيرة ولكن لاجدوى فطلبت شفاعه البابا شنودة .
وبحثت مرة اخرى فوجدت ان العدد مظبوط وصحيح ولايوجد شئ ناقص وهذا ببركه البابا شنودة لم يسمح ان اتعرض لأذى فى عمل من لجنه التفتيش
بركه صلواته وشفاعته معنا كلنا . آمين
والمعجزة الكبري وهو ما سنراه في الصورة التي التقطها احد المصورين اثناء اقامة احد القداسات التي رأسها البابا شنودة حيث ظهر نور غريب امام البابا ويقول المصور انه عندما شاهد الصور بعد القداس اعتقد ان الضوء بسبب فلاش الكاميرا ولكنه تذكر ان الاضاءة كانت قوية في هذه الصور ولم يستخدم الفلاش وأنه متأكد ان الضوء الذي يظهر في الصورة ليس ضوء صناعي بل ضوء الهي حيث يشبه هذا الضوء وجود ملاك يرفرف بأجنحته امام البابا شنودة